La Botánica: estudió la flora de su entorno e hizo una maravillosa colección de dibujos de la flora colombiana. Entre sus discípulos más notables se encuentran su propio sobrino, Sinforoso Mutis, el científico naturalista Francisco José Caldas y el botánico Francisco Antonio Zea, quien llegó a ser director del Real Jardín Botánico de Madrid.
La abreviatura Mutis se emplea para indicar a José Celestino Mutis como autoridad en la descripción y clasificación científica de los vegetales
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